Die Erkrankung kann klinisch mit einer Vielzahl von fieberhaften Erkrankungen verwechselt werden. Die Diagnose ist über einen normalen Blutausstrich („Dünner Tropfen“) oder den so genannten „Dicken Tropfen“ möglich, wobei die Erreger in der Frühphase der Infektion und in den Phasen zwischen den Vermehrungsschüben im Blut (Parasitämie) wenig zahlreich sein können. Die Babesien können unter dem Mikroskop nachgewiesen werden, wobei die Giemsa-Färbung – im Gegensatz zu den üblichen Schnellfärbungen – am zuverlässigsten ist. Die Erreger zeigen sich als paarweise oder in größeren Gruppen ring- oder rosettenförmig angeordnete birnenförmige Gebilde in den roten Blutkörperchen. Ein PCR-Test zum Nachweis der DNA der Erreger ist ebenfalls möglich.

Serologische Untersuchungen, wie der Immunfluoreszenzantikörpertest und der Enzyme-linked Immunosorbent Assay, sind bei akutem Verlauf ohne Bedeutung, da die Tiere noch keine Antikörper gebildet haben. Bei chronischem Verlauf sind zyklische Veränderungen der Antikörper nachweisbar.

Da die Krankheit ohne Behandlung schnell tödlich endet, sollte bei Verdacht unverzüglich eine Therapie eingeleitet werden. Antiprotozoika wie Imidocarb oder Diminazen sind wirksam. Eine Kombination aus Atovaquon und Azithromycin kann auch chronische Infektionen mit B. gibsoni heilen. In akuten Fällen kann eine Bluttransfusion angezeigt sein.

Die wichtigste Prophylaxe ist das Absuchen des Tieres nach Zecken nach jedem Spaziergang und deren sofortige Entfernung. Eine medikamentelle Prophylaxe gegen Zecken (z. B. mit Permethrin) ist sinnvoll, da sie auch weitere durch Zecken übertragbare Erkrankungen verhindert. Gegen B. c. canis und B. c. rossi ist ein Impfstoff (Nobivac Piro) verfügbar, der zwar nicht vor einer Infektion schützt, aber die Erkrankung deutlich abmildert.