Babesien sind Einzeller, die als Parasiten die roten Blutkörperchen befallen. Sie werden den Sporentierchen (Apicomplexa) zugeordnet. Ein Abschnitt ihres Vermehrungszyklus findet im Zwischenwirt Zecke statt. Die Babesiose der Hunde wird durch zwei, nach neuerer Ansicht drei Arten hervorgerufen, die für andere Tierarten nicht krankheitserregend sind.

Babesia canis (Piana & Galli-Valerio, 1895) ist eine relative große Babesien-Art (2–4 × 4–7 μm), die weltweit vorkommt. Man unterscheidet heute drei Unterarten, die sich hinsichtlich ihrer DNA und ihres Vektors, aber nicht morphologisch unterscheiden:

• Babesia canis canis wird durch die Auwaldzecke (Dermacentor reticularis) übertragen, die sich mittlerweile in ganz Europa ausgebreitet hat. Diese Unterart ist im deutschsprachigen Raum am häufigsten für Erkrankungen bei Hunden verantwortlich.
• Babesia canis vogeli wird durch die Braune Hundezecke (Rhipicephalus sanguineus) übertragen. Infektionen mit diesem Erreger sind in Mitteleuropa selten und verlaufen mild.
• Babesia canis rossi wird durch Haemaphysalis leachi verbreitet und kommt nur in Afrika, südlich der Sahara vor.

Babesia gibsoni (Patton, 1910) ist die zweite bei Hunden vorkommende Babesienart. Sie ist kleiner (1,1–2 × 1,2–4 μm) und damit auch morphologisch von B. canis zu unterscheiden. Der Erreger ist vor allem in Asien und den Vereinigten Staaten verbreitet, man unterscheidet einen Asia- und einen California-Genotyp. Überträger sind Zecken der Gattungen Haemaphysalis und Rhipicephalus. Im Jahre 2007 wurden erstmals zwei ortsständige Infektionen im Deutschland beschrieben. In einer aktuellen Studie wird vorgeschlagen, die „kleinen Babesien“ des California-Genotyps als eigenständige Art Babesia conradae einzustufen.

Das ursprüngliche Verbreitungsgebiet der Babesiose (Enzootiegebiet) innerhalb Europas beschränkte sich bis in die 1970er Jahre auf Südeuropa, so dass die Erkrankung in Deutschland nahezu ausschließlich bei Hunden nach Urlaubsreisen in diese Region auftrat. Mit der Ausbreitung der Auwaldzecke auf ganz Mitteleuropa tritt die Krankheit auch in Deutschland verstärkt auf: Etwa ein Drittel der erkrankten Hunde hatte niemals einen Auslandsaufenthalt.