Die Chilenische Waldkatze ist nach Ansicht mancher Zoologen keine eigenständige Art, sondern eine Unterart der Kleinfleckkatze. Molekularbiologische Studien konnten die nahe Verwandtschaft beider Arten nachweisen, sodass sie auf jeden Fall Schwesterarten darstellen, die nächste verwandte Art ist die Pampaskatze (L. colocolo).

In der Frage der Gattungszugehörigkeit gibt es Unstimmigkeiten. In älteren Werken wurde die Chilenische Waldkatze - wie fast alle Katzen - als Felis guigna in die Gattung Felis eingeordnet, später wurde sie mit den zwei oben erwähnten Arten zur Gattung Oncifelis eingruppiert. Jüngste Systematiken wie Wilson & Reeder (2005) ordnen diese Gattung schließlich bei den Pardelkatzen (Leopardus) ein, deren bekanntester Vertreter der Ozelot ist.

Es werden zwei Unterarten unterschieden:

• Leopardus guigna trigillo (Zentralchile, keine Flecken auf den Füßen)
• Leopardus guigna guigna (Südchile, kleiner, heller, Flecken auf den Füßen)

Die Chilenische Waldkatze wird von der IUCN als gefährdet eingestuft und im Anhang B des Washingtoner Artenschutz-Übereinkommen geführt. Der Bestand wird auf weniger als 10.000 Tiere geschätzt und die Tiere sind sowohl in Chile als auch in Argentinien geschützt, der Handel ist verboten. Im Verbreitungsgebiet der Katzen gibt es außerdem eine Reihe von Schutzgebieten.

Ursprünglich war die Chilenische Waldkatze in ihrem gesamten Verbreitungsgebiet sehr häufig. Sie wird vorwiegend durch den Rückgang ihres Lebensraumes bedroht. Der Lebensraumrückgang betrifft dabei vor allem den Norden des Landes, wo die möglichen Lebensräume auf kleine Flecken zusammengeschrumpft sind. In Zentralchile bestehen dagegen noch große Gebiete, in denen die Katze leben kann und sich dank großer Populationen von Nagetieren auch vermehrt.

Die Bejagung stellt eine geringe Bedrohung dar, wenngleich sie als potenzieller Nutztierräuber besonders für Geflügel auch von örtlichen Bauern geschossen wird. Auch bei illegalen Fuchsjagden werden gelegentlich Katzen erlegt, Felle der Tiere gelangen jedoch sehr selten in den Handel. In Zoos ist die Katze nicht zu finden, die einzige bekannte Ausnahme bildet der Zoo in Santiago de Chile, der ein einzelnes männliches Exemplar hält.