Die Symptome sind meist unspezifisch und sehr mannigfaltig. Alle Hunderassen, vor allem Welpen, sind betroffen.

Die Tiere zeigen häufig ständig wiederkehrendes Fieber, Nasenbluten (Epistaxis), schleimig-eitrigen Nasenausfluss, Erbrechen, Blutungen und Ödeme in der Unterhaut, Abgeschlagenheit, Abmagerung, Blutarmut (Anämie), Milzvergrößerung (Splenomegalie), Gelenkerkrankungen (Polyarthritis), Erkrankungen der Lymphknoten (generalisierte Lymphadenopathie) sowie Meningoenzephalitis mit Krämpfen und Paralysen.

Der Befall der Granulozyten durch Anaplasma phagocytophilum verläuft meist milder mit Fressunlust, Muskelverhärtungen, Polyarthritis, Lahmheit und Gewichtsverlust.

Klinisch ist die Diagnose nicht zu stellen. Differentialdiagnostisch kommen andere Infektionskrankheiten (Babesiose, Hämobartonellose) und eine immunologisch bedingte Thrombozytopenie in Frage.

Labordiagnostisch können herangezogen werden:

• Erregernachweis aus dem Blut oder in Proben von Lunge und anderen Organen möglich über eine Giemsa-Färbung und Immunfluoreszenztests. Die Monozyten und Lymphozyten zeigen dabei eine typische Morula-Struktur, in der Giemsa-Färbung allerdings nicht sehr zahlreich. Der optimale Nachweis ist 13 Tage nach der Infektion möglich. Die charakteristischen Morulae kommen bei Ehrlichia ewingii-Infekten in neutrophilen und eosinophilen Granulozyten vor.
• Thrombozytopenie, Hyperglobulinämie, Anämie und Neutropenie können die Diagnose unterstützen.
• Über PCR und In situ-Hybridisierung kann E. canis in Geweben nachgewiesen werden.
• Antikörpernachweis im Serum: Ein Titer von 1:10 oder höher ist beweisend. In der Frühphase der Infektion kann er negativ sein. Zudem müssen mögliche Kreuzreaktionen, z. B. mit Anaplasma phagocytophilum in Betracht gezogen werden.