Zur Behandlung stehen für Menschen Verdauungsenzyme der Bauchspeicheldrüse als Medikamente mit dem Wirkstoff Pankreatin zur Einnahme mit den Mahlzeiten zur Verfügung. Darin sind die notwendigen Enzyme magensaftresistent überzogen verpackt, so dass sie erst im Dünndarm freigesetzt werden und zur Wirkung kommen.

Das Auftreten einer exokrinen Pankreasinsuffizienz ist für Hunde und Katzen beschrieben.
Der spezifischste Test zur Diagnose einer EPI ist diesen Tierarten der TLI-Test (Trypsin-like Immunoreactivity). Da hierbei die Abwehrreaktion des Körpers auf das gebildete Trypsin gemessen wird, sind die Werte beim Vorliegen der Erkrankung meist vermindert. Auch der zur Pankreatitisdiagnostik eingesetzte PLI-Test (Pancreatic Lipase Immunoreactivity) erscheint geeignet, ist dem TLI-Test bezüglich der Sensitivität jedoch unterlegen (eine Ausnahme hiervon bildet der seltene Sonderfall einer isolierten Defizienz der Aktivität der pankreatischen Lipase). Weiterhin verwendet wird die Bestimmung des Serum-Cobalamins, der Triglycerid-Provokationstest sowie quantitative Kotanalysen zur Bestimmung der Aktivität von Verdauungsenzymen. Diese drei Verfahren weisen jedoch eine geringere Sensitivität und Spezifität auf als der TLI-Test. Bei Tieren besteht die Therapie wie beim Menschen auch im oralen Ersatz von Verdauungsenzymen mittels Pankreatin. Daneben kann aber auch die Verfütterung von rohem Schweine- oder Rinderpankreas aus Schlachtabfällen eine wirksame Behandlung darstellen. Die Anpassung der Fütterung in Form einer fettarmen und leicht verdaulichen Diät hat keinen offensichtlichen Effekt auf die Besserung der klinischen Symptome.