Die Ursache für die FIP ist ein hoch virulentes Coronavirus. Das heute als Felines Coronavirus (FCoV) bezeichnete Virus wurde bis Ende der 1990er Jahre in zwei verschiedene Viren unterteilt: Das wenig pathogene, sogenannte „Feline Enterale Coronavirus“ (FECV) und das stark pathogene „Feline Infektiöse Peritonitis-Virus“ (FIPV). Letzteres ist aber lediglich eine Mutation des „FECV“ innerhalb des Trägertieres.
Die Mutation besteht aus einer Deletion im viralen Gen 3C, welche allerdings nicht immer an der selben Stelle stattfindet. Begünstigt wird die Veränderung durch das ungenaue Arbeiten der viralen RNA-Polymerase, durch die es bei der Replikation zu einem falsch eingebauten Nukleotid pro 1.000 bis 10.000 Nukleotiden kommt. Bei einer Gesamtlänge der Virus-RNA von etwa 30.000 Nukleotiden sind also bereits 3 Mutationen im Erbgut des Virus pro Replikation „normal“.
Das FCoV kommt weltweit vor, aber nur bei etwa fünf bis zehn Prozent der seropositiven (infizierten) Hauskatzen bricht die FIP-Erkrankung aus. Bezogen auf die gesamte Katzenpopulation hat die FIP eine Vorkommenshäufigkeit (Prävalenz) von ein bis zwei Prozent. Es werden serologisch zwei Virustypen unterschieden, wobei der vor allem in Europa und den USA auftretende Typ 1 in Zellkulturen vermehrbar ist, was mit dem vor allem in Japan auftretenden Typ 2 nicht möglich ist.
Die Übertragung des zunächst ungefährlichen Virus erfolgt unter anderem durch Kontakt mit infiziertem Kot oder über verunreinigte Gegenstände. Überdies können Menschen das Virus transportieren und auf die Katze übertragen. Oft infizieren virustragende Katzenmütter ihre Feten bereits während der Trächtigkeit. Die Übertragung der bereits mutierten Form spielt vermutlich keine Rolle bei der Verbreitung der Krankheit.
Prinzipiell sind alle Katzenarten und Altersgruppen für FIP empfänglich. Am häufigsten befällt die Erkrankung Tiere im Alter von sechs Monaten bis fünf Jahren und ältere Tiere ab 14 Jahren. Katzen in größeren Katzenhaltungen sind stärker gefährdet als einzeln lebende Wohnungskatzen. Bei Großkatzen sind besonders größere Bestände in Zoos gefährdet, Leoparden gelten als besonders empfänglich.