Die Ursachen sind nicht genau bekannt. Studien deuten darauf hin, dass abnorme Reaktionen des Abwehrsystems. Möglicherweise sind Infektionen mit felinen Caliciviren und felinen Herpesviren (beides Erreger des Katzenschnupfen-Komplexes) sowie dem Felinen Immunschwächevirus (FIV) oder dem Leukosevirus (FeLV) eine Rolle spielen. Bei oben erwähnten Symptomen sollte das betroffene Tier auf FIV und FeLV untersucht werden.

Ähnliche Krankheitsbilder können durch Viren, Bakterien, Diät, Zahnerkrankungen (beispielsweise FORL), Zahnfehlstellungen, genetische Prädisposition, Allergien, andere Immunschwächen und auch Störungen anderer Abwehrmechanismen der Maulhöhle verursacht sein.

Der Feline Gingivitis-Stomatitis-Pharyngitis-Komplex kann nicht geheilt werden. Zur Linderung der Krankheitszeichen stehen wiederholte Cortisongaben zur Verfügung. Neuere Untersuchungen zeigen eine deutliche Verbesserung des Gesundheitszustandens nach lokaler Verabreichung feliner Interferone (Virbagen Omega). Wird die Krankheit so nicht beherrscht, kann als letztes Mittel eine Entfernung aller Zähne in Betracht gezogen werden. Die dann völlig zahnlose Katze kann weiterhin (wegen ihrer harten Gaumenplatte) herkömmliches Dosenfutter fressen.