Das Leitsymptom der Flohallergie beim Hund ist intensiver Juckreiz vor allem in der Lenden-, Leisten- und Schwanzgegend, auf den die Tiere mit Benagen und Belecken reagieren. Als erste Hautveränderung (Primäreffloreszenz) tritt eine kleine Papel auf. Gelegentlich kommt es zu einer Anschwellung der Kniekehllymphknoten. Durch das Benagen und Belecken entwickeln sich im Regelfall weitere Hautveränderungen wie Erosionen und Krusten, ein sogenannter „hot spot“, eine umschriebene, oberflächliche eitrige Hautentzündung (Pyodermie). Auch eine Überwucherung der Haut mit Malassezia pachydermatis, einer Hefe der natürlichen Hautflora, wird häufiger beobachtet, so dass es sekundär zu einer Malassezien-Dermatitis kommt. Bei chronischem Bestehen einer Flohallergie treten Haarausfall, Hyperpigmentierung und Hautverdickung auf.
Bei Katzen ist das klinische Bild variabler. Betroffen sind hier vor allem die Schwanzwurzel und Lenden-, Bauch- und Leistenregion sowie der Hals. Das Haupterscheinungsbild ist neben Juckreiz eine Hautentzündung mit hirsekorngroßen Papeln und Krusten (miliare Dermatitis). Auch eine Überempfindlichkeit (Hyperästhesie) des Rückens kann auf eine Flohallergie hinweisen. Bei längerem Bestehen kann fleckiger oder beidseits symmetrischer Haarausfall auftreten. Durch intensives Belecken kann eine flächige, erhabene Hautrötung (eosinophile Plaque) entstehen. Auch ein nichtschmerzhaftes Lippengeschwür mit Einwanderung neutrophiler Granulozyten und bakterieller Sekundärinfektion kann Ausdruck einer Flohallergie sein. Eine Flohallergie kann bei Katzen auch mit Lymphknotenschwellungen einhergehen und ist klinisch nicht immer von einer nichtallergischen Dermatitis nach Flohexposition zu unterscheiden.
Bei Schafen manifestiert sich eine Flohallergie vor allem an den Gliedmaßen, bei Mardern ähnelt das klinische Bild dem der Hunde.
Neben dem klinischen Bild und einer zu erfragenden mangelnden Flohprophylaxe kann man mittels eines Flohkamms Flöhe oder Flohkot im Fell nachweisen. Da Flöhe sich nicht permanent auf dem Wirt aufhalten, ist ein negativer Befund jedoch noch nicht diagnostisch aussagekräftig. Zudem sind insbesondere Katzen durch ihre intensive Fellpflege in der Lage, Flöhe schnell zu beseitigen. Da jedoch wenige Flohbisse eine Allergie auslösen können, kann diese alleiniger Hinweis auf eine Flohexposition sein. Ein weiteres Indiz ist der Nachweis der Eier des Gurkenkernbandwurms im Kot, da dieser Flöhe als Zwischenwirt benötigt.
Ein Intrakutantest mit hochgereinigtem Flohspeicheleiweiß ist zur Diagnosesicherung am ehesten geeignet. Die Sensitivität und Spezifität liegt hier über 90 %. Ganzkörperextrakte aus Flöhen haben einen zu geringen Allergengehalt und mit einer Sensitivität von 67 % nur einen begrenzten Wert. Beim Intrakutantest werden 0,05 ml einer Testlösung in die Haut injiziert. Nach 10 bis 20 Minuten entsteht bei positivem Befund eine Quaddel, bei einigen Tieren auch erst nach 24 oder 48 Stunden, so dass eine dreimalige Kontrolle der Reaktion angezeigt ist. Als Positivkontrolle wird an einer anderen Stelle Histamin appliziert. Eine vorangegangene Behandlung mit Glukokortikoiden kann zu falsch negativen Ergebnissen führen. In einem solchen Fall muss der Test nach zwei, bei Depotpräparaten nach sechs Wochen wiederholt werden. Nachteil dieses Tests ist, dass für ihn ein Hautgebiet geschoren werden muss und entsprechende Testlösungen mit begrenzter Haltbarkeit vorrätig gehalten werden müssen.
Die diagnostische Sicherheit von serologischen Untersuchungen von Blutproben mittels ELISA ist nicht unumstritten. Die Sensitivität ist mit 87 % zwar recht hoch, die Spezifität mit 53 % jedoch unzureichend. Da sie für den Tierarzt aber praktikabler sind, werden diese Tests häufiger durchgeführt als der Intrakutantest.