Das Klinische Bild der Futterallergie ist vor allem durch eine Hautentzündung (Allergische Dermatitis) mit Juckreiz gekennzeichnet. Als Primäreffloreszenzen treten in etwa 40 Prozent der Fälle Hautrötung (Erythem) und Papeln auf. Bevorzugte Lokalisationen beim Hund sind Pfoten, Achsel, Bauch, Leistengegend und Ohren, bei der Katze der Kopf.

Infolge Selbsttraumatisierung oder einer Malassezienvermehrung können alle möglichen sekundären Hautveränderungen auftreten.

Differentialdiagnostisch müssen alle mit Juckreiz einhergehenden Hauterkrankungen ausgeschlossen werden. In etwa 25 Prozent der Fälle liegt noch eine zweite Allergie vor (Atopische Dermatitis des Hundes, Flohallergie), was die Diagnostik zusätzlich erschwert. Die Futterallergie spricht in der Regel nur wenig auf Glukokortikoide an und tritt im Regelfall nicht saisonal auf.

Die Aussagekraft serologischer Tests gegen Futterallergene ist umstritten. Bei Verdacht ist eine konsequente Ausschlussdiät das diagnostische Mittel der Wahl. Dabei wird die Fütterung für mindestens vier bis sechs Wochen konsequent auf nur eine Protein- und Kohlenhydratquelle umgestellt. Dabei ist ein Fleischtyp und ein Getreideprodukt/Kartoffel zu wählen, das im bisher verwendeten Futter nicht enthalten war. Auf alles Beifutter mit anderen Protein- und Kohlenhydratquellen („Leckerlis“) ist unbedingt zu verzichten.

Nachdem die Diagnose durch eine Ausschlussdiät gesichert wurde, kann schrittweise die Nahrung im Wochenrhythmus um jeweils eine weitere Komponente erweitert werden, um eine Fehlernährung zu verhindern. Bei erneutem Auftreten gilt die Komponente als identifiziert, wobei jedoch beachtet werden muss, dass auch mehrere Futterbestandteile allergieauslösend sein können.

Bei Fällen mit allergischen Reaktionen gegen viele tierische Eiweiße, muss unter Umständen ein Spezialdiätfuttermittel eingesetzt werden. In diesen sind die Eiweiße auf Molekülgrößen unterhalb der kritischen Größe aufgespalten (→ Hydrolyse).