Hunde und Wölfe sind kreuzungsfähig. Zu welchem Grad so ein Mischling Hund bzw. Wolf ist, lässt sich aber nicht zwangsläufig am Äußeren festlegen, da viele Mischlinge Hunden oder Wölfen sehr ähnlich sehen und oft nur ein Gentest Klarheit bringen kann.
In seinem Buch „Der Hund“ beschreibt der Verhaltensforscher Erik Zimen ausführlich seine langjährigen vergleichenden Beobachtungen an Königspudeln und Wölfen sowie an deren Mischlingen (den sog. Puwos) und an den Nachkommen aus der Verpaarung von „Puwo“ mit „Puwo“.
Auch in der Praxis der Hundezucht wurde immer wieder versucht, Hunderassen durch das Einkreuzen von Wölfen zu „verbessern“, wie beim Saarloos-Wolfhund, beim Tschechoslowakischen Wolfhund und in Italien mit dem Lupo Italiano. Die Erwartungen konnten bei allen diesen Versuchen nicht erfüllt werden.
Bisher ging man davon aus, dass die Verhaltensunterschiede zwischen Wolf und Hund zu groß seien, als dass es in der freien Natur zu Mischpaarungen kommen könne. Ein zusätzliches Hemmnis ergibt sich aus den Fruchtbarkeitszyklen: Wolfsrüde und Wölfin sind nur einmal im Jahr fruchtbar. Dies unterscheidet vor allem den Wolfsrüden vom Rüden des Haushunds.
Trotzdem kam es beispielsweise 2004 bei (vermutlich mangels Wolfsrüden) nach Deutschland eingewanderten Wölfinnen zu einer Verpaarung mit einem Hund, aus der sechs Mischlinge geboren wurden. Im Jahr 2000 wurde die Paarung zwischen einem Wolfsrüden und einer Schäferhündin beobachtet, aus der jedoch keine Nachkommen hervorgingen.
Man nahm und nimmt an, dass Vermischungen nur dort vorkommen, wo es wenige Wölfe aber sehr viele Haushunde gibt. Es haben sich aber in den italienischen Abruzzen und der UdSSR nachweislich Wölfe mit Haushunden vermischt, wie auch durch Erik Zimen bestätigt. Laut Prof. Dr. Dmitrij Iwanowitsch Bibikow traten auf dem Gebiet der UdSSR Mischlinge teilweise sehr häufig und auch in Populationen die nicht gelichtet waren auf. Ebenso wird bei der arabischen Unterart des Grauwolfes (Canis lups arabs) eine Vermischung mit verwilderten Haushunden angenommen, da unter diesen Wölfen braune Augen oft vorkommen. Ob sich diese Vermischung positiv oder negativ auswirkt ist bisher nicht untersucht worden, oft wird aber von einer negativen Auswirkung ausgegangen (trotz fragwürdiger Kriterien und in der Regel fehlender Daten).
Es ist mittlerweile erwiesen, dass der Haushund phylogenetisch (stammesgeschichtlich) vom Wolf abstammt. Noch bis vor kurzem hielt man den indischen Wolf (Canis lupus pallipes) für den Stammvater, dessen Äußeres dem einiger Hunderassen ähnlich erscheint. Inzwischen wurde jedoch der gemeine graue Wolf (Canis lupus lupus) genetisch als Urvater bestätigt. Untersuchungen der Mitochondrien-DNA von Wölfen und Hunden in den USA belegen dies, da die genetischen Unterschiede zwischen verschiedenen Wolfpopulationen durchschnittlich 0,16 % und zwischen Hund und Wolf (Grauwolf) lediglich 0,2 % betrugen. Der genetische Unterschied zwischen Wolf und Kojote hingegen betrug etwa 3,1 %.
Die auf Konrad Lorenz zurückgehende Vermutung, dass der Haushund vom Goldschakal (Canis aureus) abstammt, konnte durch diese Forschungsergebnisse sowie die Untersuchungen von Erik Zimen und Alfred Seitz ausgeschlossen werden, ebenso wie eine Abstammung vom Fuchs.
Die Klärung der Abstammung des Hundes vom Wolf warf die Frage nach dem Alter unserer Hunde neu auf: Aufgrund diverser Knochenfunde waren die Hundeforscher bislang überzeugt, die Zähmung und Domestizierung der Rudeltiere hätte vor 14.000 bis 18.000 Jahren stattgefunden (Ende des Pleistozän). Dem stehen Vermutungen aufgrund molekularbiologischer Indizien entgegen, dass die Domestikation des Wolfes bereits vor 135.000 Jahren erfolgt sein könnte.
Die Belege für keine der Theorien sind allerdings derzeit beweisend.
Genetische Studien deuten auf mehrere, voneinander unabhängige Domestikationen, molekularbiologisch können 4 Linien unterschieden werden.
Aus der spätpaläolithischen Fundstelle Eliseevichi 1 in der zentralrussischen Ebene (Region Brjansk) sind Hundeknochen bekannt, die auf 13.000–17.000 v.Chr. datiert werden. Die Fundstelle liegt im Dnepr-Tal am Sudost, einem Nebenfluss der Desna. Die Fauna wird durch Mammutknochen (Mammuthus primigenius) dominiert und datiert in die letzte Stufe der Waldaj-Eiszeit. Kulturell wird sie dem Epi-Gravettien zugerechnet. Die Siedlung wurde zwischen 1930–40 durch K. M. Polikarpovitch ausgegraben. Zwischen 1935 und 1936 wurden zwei komplette Hundeschädel ergraben (MAE 447/5298, ZIN 23781/24). Der erste lag an einer Herdstelle, ein weiterer in einer Behausung aus Mammutknochen. Die Hunde hatten eine kurze Schnauze und waren etwa 70 cm hoch.
Ein altes Skelett eines morphologisch domestizierten Hundes stammt aus dem Doppelgrab von Oberkassel, das dem Magdalénien zugerechnet wird.
Seit dem Mesolithikum sind Hundebestattungen üblich, zum Beispiel in der skandinavischen Ertebølle-Kultur (Skateholm). Auch im Alten Ägypten finden sich mumifizierte Hunde.
Durch eine Erbgutanalyse von Hund und Wolf sind schwedische und amerikanische Evolutionsbiologen zur Überzeugung gelangt, dass der Ur-Hund zwar tatsächlich vom Wolf abstammt, doch schon vor rund 135.000 Jahren geboren worden ist, womit er rund zehnmal älter wäre, als bislang angenommen.
Traditionelle Hundeforscher zeigten sich – nicht ganz überraschend – von der neuen Studie brüskiert. „Ich halte es für unwahrscheinlich, dass die Wölfe schon so früh domestiziert wurden“, sagte der Schweizer Kynologe und Buchautor Hans Räber. „Man müsste archäologische Funde haben, und die haben wir nicht.“… „Und nicht einmal bei den ältesten, rund 14.000 Jahre alten Ausgrabungen“, so Räber, „sei es immer klar, ob es sich um Wölfe oder Hunde handle“.
Joakim Lundeberg vom Königlichen Technologie-Institut in Stockholm, einer der Autoren der genetischen Studie, ist da anderer Meinung: „Die frühen Menschen waren nomadische Jäger und Sammler“, sagte der Biochemiker. „Weil damals keine Friedhöfe existierten, sei es nicht zwingend, Hundefossilien neben solchen von Menschen zu finden.“