Das Virus kann in Speichel, Blut und Liquor cerebrospinalis nachgewiesen werden. Die Hauptübertragung erfolgt vermutlich über Bisse. Diese Vermutung wird gestützt durch die Beobachtung, dass die Seropositivität mit dem Alter der Katzen zunimmt. Es wurde experimentell bestätigt, dass Katzen das Virus bereits im Mutterleib auf die Feten übertragen können. Eine Infektion von Katzenwelpen über Kolostrum und Muttermilch ist ebenfalls möglich. Diese Frequenz dieser Übertragungen schwankt jedoch mit verschiedenen FIV-Stämmen und ist in der Gesamtbetrachtung eher die Ausnahme als die Regel. Die „horizontale“ Übertragung ist wesentlich wichtiger als die vertikale.
Der Ablauf der Infektion kann in vier Stadien unterteilt werden: in eine akute, eine asymptomatische, eine unspezifische und eine terminale AIDS-artige Phase. Nach einer Erstinfektion produziert die Katze sofort Virus-spezifische Antikörper und cytotoxische T-Zellen, ist jedoch trotz der heftigen Immunreaktion nicht in der Lage, die Infektion vollständig zu überwinden, und das Virus verbleibt in allen bisher untersuchten Fällen dauerhaft im Körper.
Die Primärinfektion zeigt sich in Fieber, Neutropenie und Lymphadenopathie. Von diesem Übergangsstadium erholen sich die Tiere meist rasch und die Krankheit kommt scheinbar für mehrere Monate zum Erliegen. Während dieser Zeit nimmt die Zahl der CD4-positiven Zellen im Blut stetig ab. Das Verhältnis von CD4- zu CD8-positiven Zellen verschiebt sich, und es kommt zu Fehlfunktionen der B- und T-Zellen. Im weiteren Verlauf hat FAIDS keine eindeutigen Symptome, da sie teilweise durch Sekundärinfektionen infolge der Immunschwäche geprägt ist. Erst etwa fünf bis neun Jahre nach der Infektion werden die ersten Aidsartigen Symptome sichtbar. Dadurch, dass FIV auch Zellen des Nervensystems wie Gliazellen und Astrozyten infizieren kann, kommt es teilweise zu neurologischen Symptomen wie verzögerten Reaktionen, vorübergehenden Lähmungen, Verhaltensänderungen und Anisokorie.
Je nach Stadium der Erkrankung treten weitere Symptome auf: schlechtes Fell, Fieber, Durchfall, Verhaltensstörungen infolge einer Enzephalopathie, chronische Entzündungen (Bindehaut-, Zahnfleisch-, Maulschleimhautentzündung), starke Gewichtsabnahme, Appetitlosigkeit (Inappetenz) und Schwellungen der Lymphknoten. Der zeitliche Verlauf der Erkrankung hängt auch von den FIV-Subtypen ab. Bei manchen pathogeneren Stämmen sterben 5 bis 25 % der Hauskatzen innerhalb eines Jahres.