Tierschützer kämpften seit dem Jahr 2000 darum, vier der sechs Unterarten unter Schutz zu stellen. Im Jahre 2004 waren sie mit dieser Unternehmung erfolgreich. Vier der Unterarten sind seit 2004 in den USA gesetzlich als bedrohte Tierart geschützt, und es werden Anstrengungen unternommen, die Anzahl der Tiere zu erhöhen sowie das Ökosystem der Kanalinseln so zu stabilisieren, so dass ein Fortbestand der Arten möglich ist. Geschützt sind nun die Unterarten, die auf Santa Cruz, Santa Rosa, San Miguel und Santa Catalina beheimatet sind. Die IUCN listete die Insel-Graufüchse bis 2004 als eine Tierart mit nur geringem Gefährdungsgrad und änderte dann den Gefährdungsgrad in die (nach „ausgestorben“) höchste Bedrohungsstufe critically endangered (stark bedroht) an.

Zum Schutz des Insel-Graufuchses wurde eine Reihe von Maßnahmen eingeleitet. Zu den Schutzmaßnahmen gehört der Abschuss der Hausschweine auf Santa Cruz und Catilina, durch die die Nahrungsgrundlage der Füchse gefährdet war und die den Steinadler anlockten. Die Nationalparkverwaltung des Channel-Islands-Nationalparks hat die Einführung von Haustieren grundsätzlich untersagt, um damit Krankheitsübertragungen auszuschließen. Außerdem wurde auf San Miguel, Santa Rosa und Santa Cruz ein Zuchtprogramm etabliert, für das die Füchse eingefangen und in Gefangenschaft nachgezüchtet werden. Geplant ist, dass die bisher erfolgreichen Nachzuchten wieder in die Freiheit entlassen werden. Die Bedrohung durch den Steinadler verhindert derzeit die Freilassung der in Gefangenschaft nachgezüchteten Tiere.

Als eine Schlüsselmaßnahme für die Bestandserholung der Insel-Graufüchse gilt die Vertreibung des Steinadlers von den Kanalinseln. Sie werden eingefangen und auf dem Festland wieder freigelassen. Gleichzeitig versucht man, die Bestände des Weißkopfseeadlers zu schützen bzw. zu erhöhen, damit dieser im Lebensraum der Kanalinseln den Steinadler verdrängt. Beide Programme sind sehr ressourcen- und damit kostenintensiv und laufen somit in Gefahr, wieder ausgesetzt zu werden.

Auf der Insel San Clemente lebt eine Population des stark bedrohten San-Clemente-Würgers (Lanius ludovicianus mearnsi), einer Unterart des Louisianawürgers. Diese Vogelart gehört unter anderem zum Beutespektrum des Insel-Graufuchses. Zu den Schutzmaßnahmen zugunsten dieser Vogelart zählte bis zum Jahr 2000 der Fang und die Tötung von Insel-Graufüchsen durch die auf dieser Insel ansässige United States Navy. Seitdem Naturschützer auf die starke Bedrohung des Insel-Graufuchses aufmerksam gemacht haben, ergreift die Navy andere Maßnahmen, um die Population dieser Würgerart zu erhalten. Zu den neuen Schutzmaßnahmen gehört das Einfangen und Gefangenhalten der Füchse während der Brutzeit der Würger und die Installation von elektrischen Zäunen rund um die Brutreviere der Würger. Die IUCN weist jedoch daraufhin, dass die Auswirkung der Einfangaktionen auf das Fortpflanzungsverhalten der Füchse durchaus dazu beigetragen haben mag, dass auch auf dieser Insel die Individuenzahlen seit den 1990er Jahren um 60 Prozent zurückgegangen sind und fordert deshalb eine Überprüfung dieser Vorgehensweise.