Jaguar, Löwe, Tiger und Leopard bilden innerhalb der Gattung Panthera eine gemeinsame Klade, aus der der Jaguar als erste Abspaltung hervorging. Als sein Ahn wird gelegentlich Panthera gombaszoegensis, der „Europäische Jaguar“ angenommen. Die Jaguar-Ahnen wanderten ostwärts und gelangten über die Beringstraße nach Nordamerika. Noch im Pleistozän waren Jaguare in Nordamerika nördlich bis zum Bundesstaat Washington verbreitet.

Bei vielen indianischen Völkern hatte oder hat der Jaguar eine bedeutende Rolle in Erzählungen oder sogar als Gottheit. So verehrten die Maya einen Gott in Jaguargestalt, der als Beherrscher der Unterwelt gesehen wurde. Die Könige der Maya schmückten sich mit Jaguarfellen und Adelsfamilien machten den Jaguar zum Bestandteil ihres Namens, auch bei den Azteken war eine der obersten Kriegerkasten, die sogenannten Jaguar-Krieger, in Felle von Jaguaren gehüllt.

Durch die zunehmende Zerstörung der Regenwälder und die damit verbundene Ausbreitung des Menschen wird der Jaguar als Viehräuber gejagt. Sein natürlicher Lebensraum hat sich in den letzten Jahrzehnten um fast 50 % verringert. Aus vielen Gebieten ist er bereits völlig verschwunden. Obwohl der Handel mit Jaguarfellen durch das Washingtoner Artenschutz-Übereinkommen stark eingeschränkt wurde, fallen immer noch viele Tiere den Wilderern zum Opfer, da mit ihren Fellen hohe Gewinne auf dem Schwarzmarkt erzielt werden. Der Jaguar ist zwar noch nicht vom Aussterben bedroht, aber trotzdem einer ständig wachsenden Bedrohung ausgesetzt, so dass ein Rückgang der Bestandszahlen festzustellen ist.