Das Kartagener-Syndrom, auch Kartagener-Trias genannt, ist eine angeborene Erkrankung, die durch eine seitenverkehrte Anlage der inneren Organe (Situs inversus), Bronchiektasen und eine chronische polypöse Nasennebenhöhlen-Entzündung (Sinusitis) charakterisiert ist. Die Bewegung des Flimmerepithels (der Cilien) in den Atemwegen ist gestört. Daneben besteht wegen einer Bewegungsstörung der Samenzellen eine verminderte Fruchtbarkeit (Fertilität). Erkrankungen ohne Situs inversus nennt man primäre ciliäre Dyskinesie (PCD).

Benannt ist die Krankheit nach dem Internisten Manes Kartagener (1897–1975), der dem Lehrkörper der medizinischen Fakultät Zürich angehörte und sich insbesondere der Erforschung der Bronchiektasen widmete.

Die Häufigkeit (Prävalenz) liegt bei 1:15.000 bis 20.000. In Deutschland gibt es etwa 4.000 Patienten, davon etwa 900 im Kindes- und Jugendalter.