Im Jahr 1973 wurde in den USA der Endangered Species Act ("Gefährdete-Arten-Gesetz") in Kraft gesetzt. Im gleichen Jahr begann der US Fish and Wildlife Service (USFWS) ein Zuchtprogramm, wofür 79 wilde Rotwölfe gefangen und 14, die als reine Rotwölfe bestimmt wurden, als Grundstock für die Zuchtpopulation ausgewählt wurden. Ein Aussterben der Art konnte durch diese Anstrengungen verhindert werden: Die in Gefangenschaft gezüchteten Rotwölfe und ihre Jungen wurden in den 90er Jahren wieder ausgesetzt.

Inzwischen gibt es wieder 100 bis 150 freilebende Rotwölfe, womit die Art aber immer noch als extrem bedroht einzustufen ist. (siehe auch Auswilderung, genetischer Flaschenhals)

Es herrscht nach wie vor Uneinigkeit, ob der Rotwolf wirklich eine eigenständige Art ist. Er wurde lange als Unterart des Wolfs angesehen. 1968 wurde er erstmals in einem zoologischen Werk (J.L. Paradiso, "Canids recently collected in east Texas, with comments on the taxonomy of the red wolf") als eigenständige Art geführt, und mehrere Zoologen haben diese Ansicht seither bestätigt.

Genetische Untersuchungen aus dem Jahr 1991 haben zu der Entdeckung geführt, dass alle Rotwölfe Genmaterial von Wölfen (Canis lupus) und Kojoten (Canis latrans) in sich tragen. Hieraus haben manche den Schluss gezogen, dass der Rotwolf ein Hybrid aus Wölfen und Kojoten ist. Unterstützt wird diese These durch die Tatsache, dass im – bisher allerdings nur teilweise entschlüsselten – Genom der Rotwölfe noch keine individuellen Teile gefunden worden sind, die sie als eigene Art charakterisieren würden. Um als eigene Art zu gelten, muss nach Ansicht mancher Biologen ein Tier über einzigartige genetische Merkmale verfügen. Das bisher erforschte Genom der Rotwölfe kommt jedoch auch bei Wölfen oder Kojoten vor.

Eine andere These ist, dass der Rotwolf schon seit längerer Zeit, etwa 1930, Paarungen mit Wölfen und besonders Kojoten eingeht, vielleicht sogar noch länger, und dadurch eventuell das eigene genetische Material verschwunden ist. Auf jeden Fall gehen freilebende Rotwölfe durch die extreme Gefährdung ihrer Art Paarungen mit Wölfen und Kojoten ein, weil sie keine arteigenen Paarungspartner finden. Heute gibt es keine genetisch reinen Rotwölfe mehr.