Diese Methode war vor Einführung des ISO-Standards der Transponderkennzeichnung üblich, brachte jedoch einige Nachteile mit sich:

• Der Vorgang ist sehr schmerzhaft für das Tier. Daher ist eine Betäubung aus Tierschutzgründen notwendig.
• Durch die Vielfalt der Nummerierungs-Systeme ist trotz vorgefundener Nummer eine Zuordnung nicht immer möglich. Manche Tätowierungen bestehen aus einem Kennbuchstaben des durchführenden Tierarztes (z.B. „G“ für Groß) plus fortlaufender Nummer, ein anderes System ist beispielsweise der Buchstabe „G“ für einen Zuchtverband (z.B. Gesellschaft der Bullterrier-Freunde e.V.) mit anschließender Nummer.
• Die Nummern sind nicht einmalig, denn bei einer 5stelligen Tätowierung wie z.B. G2953, sind nur rund zwei Millionen unterschiedliche Kombinationen möglich, in Deutschland leben aber ca. 5,3 Millionen Hunde.
• Tätowierungen sind nicht fälschungssicher.
• Kriminelle könnten dem Tier das tätowierte Ohr abschneiden
• Die Tätowierung verblasst rasch und ist dann nicht mehr lesbar.
• Manche Kleintiere sind nicht tätowierbar, da sie zu klein sind.

Ein ISO-Standard ist eine Normierungsvereinbarung der internationalen Standardisierungs-Organisation. Sämtliche unterschiedliche Transpondersysteme, die untereinander nicht kompatibel waren (Indixel, Destron, Trovan, Avid) wurden durch die ISO-Normen 11784 und 11785 vereinheitlicht. Es wurde für den Chip eine einheitliche 15-stellige Nummerncode-Struktur, bei gleichzeitigem Ausweis der jeweiligen Nationalität, festgelegt. Gleichzeitig wurden die einheitlichen technischen Spezifikationen bestimmt.

Der Mikrochip, auch Transponder oder Tag genannt ist ein elektronisches Mittel für das automatisierte Erkennen von Tieren. Der Transponder ist 12 x 2 mm groß. Eine gewebeverträgliche Glashülle enthält eine Antennenspule sowie den inaktiven Chip mit der festgespeicherten Identifikationsnummer. Weltweit erhält jedes Tier eine eigene Kenn-Nummer (3-stelliger Ländercode + 12-stellige ID-Nummer). Der Ländercode (000-899) soll die Feststellung des Herkunftlandes ermöglichen. Anstelle des länderspezifischen Codes können auch Herstellercodes verwendet werden. Herstellercodes (900-999) zeigen nur den Hersteller des Transponders an, z.B. 958 Pet ID, 968 AEG oder 981 Datamars. Diese herstellercodierten Chips sind preisgünstiger und werden oft in großen Mengen von Tierschutzeinrichtungen außerhalb Deutschlands verwendet. Die Transpondernummer 968000004531234 ist ein Beispiel für einen Chip des Herstellers AEG (968) mit der 12-stelligen ID-Nummer 000004531234. Die Herkunft dieses Tieres kann nicht abgelesen werden.

Je nach Hersteller werden Chips meist mit mehreren selbstklebenden Barcodeetiketten zur übereinstimmenden Kennzeichnung von Dokumenten (Impfpässe, Zuchtpapiere, Stammbaum) geliefert.

Der Chip ist passiv, d.h. erst beim Ablesen wird er durch das Lesegerät anregt seine Daten zu übertragen. Die Implantierung ist einfach und schnell, es ist keine Betäubung erforderlich. Der Chip ist fälschungs- und manipulationssicher. Der Chip bleibt während des ganzen Lebens des Tieres funktionsfähig, ist beliebig oft ablesbar und "wandert" in der Regel nicht durch den Körper des Tieres. Er dient als Eigentums- sowie Abstammungsnachweis, sichert züchterische Glaubwürdigkeit, und soll die Rückvermittlung entlaufener oder gestohlener Tiere durch Registrierung in internationalen Datenbanken effektiver gestalten.

Mit einer sterilen Einwegspritze wird der Transponder vom Tierarzt in die linke Nackenseite des Tieres (international normierte Stelle) injiziert. Durch die besonders scharf angeschliffene Nadel verspürt das Tier keinen Schmerz. Der Vorgang ist mit einer Routineimpfung zu vergleichen: einfach, schnell und schmerzfrei.

Ein handliches, portables Lesegerät wird über den Nacken des Tieres geführt und aktiviert mittels elektromagnetischer Wellen den Chip. Die maximale Entfernung zwischen Lesegerät und Transponder beträgt 30 cm bei ISO-konformen Chips. In einem Display des Ablesegerätes ist die Identifikationsnummer ablesbar.

Lesegeräte sollten bei allen Tierheimen, Tierärzten, der Polizei, Ordnungsämtern und den meisten Hundevereinen vorhanden sein.

Nach der Implantation des Mikrochips sollte die ID-Nummer unter Angabe der Nationalität des Tieres und der Daten zum Tierbesitzer bei einer internationalen Datenbank registriert werden. Dieses ist in der EU-Richtlinie nicht vorgesehen, da es hierbei ausschließlich um die eindeutige Zuordnung vom Tier zum EU-Heimtierausweis geht. Die freiwillige Registrierung ist aber dennoch sinnvoll, da hierüber eine Zuordnung des Tieres, z.B. bei Verlust, zum Eigentümer hergestellt werden kann.

Es gibt verschiedene Anbieter von Registrierungsdatenbanken. Die Datenbank ist im Prinzip vom Tierbesitzer beliebig wählbar, in der Praxis wird der Tierarzt eine Datenbank seines Vertrauens vorschlagen. Kriterien, die bei der Auswahl einer Datenbank zu berücksichtigen sind:

• Solide Basis, es sollte langes Bestehen der Organisation gewährleistet sein
• Registrierung und Service sind Kostenfrei
• Gewährleistung des Datenabgleichs mit anderen Tierdatenbanken
• Ständige Datenpflege durch die betreibende Datenbank
• Erreichbarkeit rund um die Uhr (bei entlaufenen Tieren, Diebstählen)

Für Deutschland: Tasso, IFTA, Deutsches Haustierregister (DHR) und BeFAIRY. Die betreffenden Datenbanken von IFTA, Tasso und dem Deutschen Haustierregister sind vernetzt, so dass Mehrfachanmeldungen nicht mehr nötig sind. Für die Schweiz: Anis

Kritiker sehen in der aktuell praktizierten Vorgehensweise der Tierärzte folgende Punkte:

• Die Tierärzte geben teilweise ohne Aufklärung oder Einwilligung die persönlichen Daten der Tierbesitzer an eine dritte Stelle. Dieses ist datenschutzrechtlich sehr bedenklich.
• Viele Tierbesitzer wissen nicht, dass ihre Daten bei einer Tierschutzorganisation gespeichert wurden und pflegen daher diese Daten auch nicht. Daher entstehen "Karteileichen" bei Umzug, Eigentümerwechsel oder Tod des Tieres.
• Daher sollte eine Tier-Registrierung und damit verbundene Speicherung von persönlichen Daten ausschließlich den Tierbesitzern in Absprachen mit dem Tierarzt und nicht den Tierärzten überlassen alleine werden.
• Ein Nichtregistrieren ist kontraproduktiv, da eine Zuordnung Eigentümer mit seinem Tier nicht gegeben ist.