Man unterscheidet drei Unterarten:

• Speothos venaticus panamensis: in Panama sowie im Norden Kolumbiens und Venezuelas
• Speothos venaticus venaticus: die am weitesten verbreitete Unterart lebt in Zentral-Brasilien und in den angrenzenden Regionen Kolumbiens, Venezuelas, Perus, Boliviens und Paraguays, und auch in Guyana, Surinam und Französisch-Guayana
• Speothos venaticus wingei: in den südbrasilianischen Bundesstaaten Paraná, Santa Catarina und Rio Grande do Sul, auch im Osten Paraguays und in Misiones.

Die Unterart panamensis ist kleiner als die beiden anderen. Die Unterart venaticus ist dunkler gefärbt als die beiden anderen.

Frühe Systematiker sahen wegen Übereinstimmungen im Gebiss eine Verwandtschaft des Waldhunds mit dem Rothund und dem Afrikanischen Wildhund und vereinten alle in einer Unterfamilie Simocyoninae. Heute sieht man diese Ähnlichkeiten als Ergebnis von Konvergenz. Nach heutigen Erkenntnissen ist der Waldhund die Schwesterart des Mähnenwolfs.

In Deutschland kann man die Waldhunde u.a. in der Stuttgarter Wilhelma sehen. Hier lebt in einem eigenen Gehege ein knappes Dutzend dieser Tiere, die zuletzt im Juli 2007 für Nachwuchs sorgten.